O expert, especialista no projeto de FMS, também é otimizador de critérios diferentes ao atribuir um conjunto de pesos a variáveis de decisão estratégicas particulares assim refletindo uma variedade de funções objetivas. Estes podem incluir o maximização de flexibilidade, reatividade em tempo real, disponibilidade de equipamento, eficiência e minimização de custos de produção, e carga de trabalho total.
O gráfico abaixo associa estes critérios para cada um dos quatro módulos identificados para o estudo de caso. Em cada caso, a otimização destes critérios estarão sujeitos a restrições como projeto de produto, tecnologia de produção, orçamento, demanda de mercado etc. No caso geral, o número de módulos e as responsabilidades destes será também uma variável de projeto.
A informação sobre o número total e tipo de máquinas, a necessidade de comunicação lateral, a organização de produção em células e assim por diante, pode não estar disponível nas fases iniciais do projeto de processo FMS. Além disso, a arquitetura de C&C que também controla o sistema de produção inteiro une a planta industrial à superestrutura incorporada (marketing, controle de inventário, finanças, etc.). Esta superestrutura pode não ser hábil para responder ao projeto proposto caracterizado no princípio. Por estas razões, o módulo Controle e Comando deveria ser consultado mais tarde no processo de projeto, particularmente se uma aproximação de engenharia de projeto simultânea for usado.
